El Cytoxan se utiliza para tratar ciertos tipos de los siguientes canceres: linfoma, mieloma múltiple, leucemia, micosis fungoides, neuroblastoma, cáncer de ovario, cáncer ocular y cáncer de mama. Generalmente se utiliza junto con otros medicamentos. También puede utilizarse para tratar ciertos problemas renales (síndrome nefrótico) en niños.