Mensen gebruik van melatonine aan te passen van het lichaam van de interne klok. Het wordt gebruikt voor de jet lag, voor het aanpassen van de slaap-waak cycli in mensen wiens dagelijks werk wijzigingen in de planning (shift-werk stoornis), en voor het helpen van mensen die blind stellen een dag en nacht cyclus. Melatonine wordt ook gebruikt voor het onvermogen om in slaap te vallen (slapeloosheid); delayed sleep phase syndroom (DSPS); rapid eye movement sleep behavior disorder (RBD); slapeloosheid geassocieerd met attention deficit-hyperactivity disorder (ADHD); slapeloosheid te wijten aan bepaalde hoge bloeddruk geneesmiddelen genaamd bèta-blokkers; en slaapproblemen bij kinderen met ontwikkelingsstoornissen, waaronder autisme, cerebrale parese en een verstandelijke handicap. Het wordt ook gebruikt als een slaap steun na het staken van het gebruik van benzodiazepine drugs en vermindering van de bijwerkingen van het stoppen met roken. Sommige mensen maken gebruik van melatonine voor de ziekte van Alzheimer of verlies van het geheugen (dementie), een bipolaire stoornis, een longziekte genaamd chronische obstructieve pulmonaire ziekte (COPD), slapeloosheid veroorzaakt door beta-blokker medicatie, endometriose, een piep in de oren, depressie of seasonal affective disorder (SAD), een lichte verstandelijke handicap, niet-alcoholische lever-en vaatziekten, chronische vermoeidheid syndroom (CVS), fibromyalgie, rusteloze benen syndroom, een inflammatoire ziekte sarcoïdose genoemd, schizofrenie, migraine en andere hoofdpijn, leeftijd-gerelateerde verlies van het gezichtsvermogen, benigne prostaathyperplasie (BPH), irritable bowel syndrome (IBS), botontkalking (osteoporose), een beweging aandoening genaamd tardive dyskinesie (TD), zure reflux, Helicobacter pylori (H. pylori), sportprestaties, onvruchtbaarheid, epilepsie, veroudering, voor de menopauze, metabool syndroom, voor herstel na een operatie, agitatie veroorzaakt door de narcose, stress, onwillekeurige bewegingsstoornissen (tardive dyskinesia), veranderingen in de hartslag als u van de vaststelling te zitten (orthostatische tachycardie syndroom), delirium, onvermogen om te bepalen bij het plassen, pijn aan kaak, inflammatoire darmziekten (colitis ulcerosa), en voor anticonceptie.